3优化反应程序尝试某些特殊的程序，如巢式PCRTouch Down PCR等4选择热启动酶与普通PCR酶相比，热启动酶具有更高的扩增效率和特异性由于普通DNA聚合酶在室温下也有一定的反应活性，PCR反应体系需要在冰上进行配制，使用热启动酶可以减少在反应准备阶段发生的非特异扩增，有助于得到高特异性。
荧光定量PCR在进行基因表达分析时先提取RNA的原因是为了获取mRNA信息，并将其转化为可用于PCR扩增的模板DNA以下是具体原因获取mRNA信息基因表达分析的目标荧光定量PCR在用作基因表达分析时，目的是检测特定基因在细胞或组织中的mRNA水平mRNA是基因转录的产物，其丰度反映了基因表达的活跃程度RNA的。
PCR塑料“受宠”主要因其环保价值对废塑料回收的推动作用以及政策支持，具体如下减少塑料污染，助力“碳中和”减少环境污染传统塑料以石油煤炭天然气为原料，大量使用产生了大量塑料垃圾，对环境造成严重污染而PCR塑料是消费后回收材料，将流通消费使用后产生的废塑料，通过物理回收或者化学回收变成工业生产原料。
在定量PCR的过程中，并不是说两步法比三步法更优，两者之间并没有本质的区别，信号的读取都是在每一个延伸结束后进行的事实上，定量PCR最初阶段也是采用三步法的两步法之所以被广泛采用，主要是因为在设计引物时，将退火温度设定为酶的工作温度，这样能够简化实验步骤，提高实验效率而对于定量PCR而言，其产物通常。
为什么是三次呢实际上，三次循环可能指的是PCR扩增的初期阶段，这时候扩增效率还不高，目的基因的数量还比较少随着循环次数的增加，扩增效率会逐渐提高，目的基因的数量也会迅速增长因此，在PCR扩增过程中，最初几次循环的作用是建立扩增基础，确保后续循环能够高效进行三次循环可以看作是一个起点。
当然不是越多越好循环次数过多，并不会计产物也随之过度增加因为再次循环都有高温到低的温度变化，聚合酶的活性有限，而且一般体系中引物和原料的量也不会是无限供应的另外循环次数过多，产物间可能会形成较为复杂的结构，影响其作为模板的效率，因此循环次数不是越多越好，一般PCR反应的循环不超过。
PCR产物的亮度和条带的单一性是确保测序质量的重要指标如果PCR产物足够亮，条带单一，那么可以直接进行测序，无需进行额外的纯化或浓缩步骤PCR扩增效果良好的情况下，通常说明DNA片段被成功扩增，条带的单一性也意味着没有引入额外的DNA片段，这样可以保证后续测序的准确性然而，即使PCR产物看起来很好。
