肛瘘的病因主要包括感染肛周脓肿以及直肠肛门损伤，具体如下感染是肛瘘形成的核心原因多数肛瘘源于肛管直肠周围脓肿，此类脓肿由肛管直肠周围软组织或间隙的急性化脓性感染引发当脓肿自行破溃或经切开引流后，会在局部形成管道结构，即肛瘘的雏形感染的病原体多为肠道内细菌，如大肠杆菌厌氧菌等。
肛瘘的引发因素主要包括以下几方面一不良生活习惯不良的排便习惯是重要诱因，例如长时间下蹲排便或排便时用力过猛，会导致肛门局部压力升高，破坏肛管直肠的黏膜屏障此外，长期饮酒嗜食辛辣食品会刺激肛周血管扩张，引发炎症反应，增加肛瘘风险二职业因素长期站立或久坐的职业如办公室人员司机。
人得肛瘘的主要原因是肛门腺体的开口堵塞导致的急性化脓性感染，进而形成肛周脓肿，脓肿破溃后逐渐演变成肛瘘具体原因及过程如下肛门腺体分泌旺盛肛管内距肛门口约2cm处有肛门窦，是肛门腺体的开口肛门腺分泌黏液到肛门里，起到润滑大便保护肛管的作用如果腺体分泌过于旺盛，可能导致肛窦开口。
肛瘘的形成主要与以下病因有关1 感染因素肛管直肠周围脓肿是肛瘘最常见的直接病因当脓肿破溃或经切开引流后，脓腔虽可暂时缓解，但残留的感染灶会形成慢性窦道，最终发展为肛瘘细菌通过肛窦侵入肛腺，引发局部炎症并扩散至周围组织，是感染的主要途径2 直肠肛门损伤外伤吞咽金属异物或会阴部。
3肛门裂反复感染肛裂若反复发生炎症，炎症可能向深部蔓延，穿透肛周组织，最终形成肛瘘4会阴部手术内痔注射误入肌层会阴缝合后感染前列腺或尿道手术后感染等，均可能波及肛门直肠，引发脓肿及肛瘘5特异性感染结核杆菌放线菌等特异性感染可形成特异性肛瘘例如，结核杆菌感染会导致局部组织干酪。
肛瘘形成的主要原因包括以下两类1 肛腺感染与脓肿未及时治疗肛腺位于肛管齿状线附近，开口于肛隐窝当肛腺因粪便残留细菌侵入或免疫力下降引发炎症时，若未及时控制，感染可能扩散至肛周间隙形成脓肿若脓肿未彻底引流或反复发作，脓液会侵蚀周围组织，最终穿透皮肤形成慢性窦道瘘管，外口持续。
